Јоаникије, игуман манасијски, убрзо је, по пропасти српског устанка 1813. године, морао да се пред османлијском осветом склони из манастира. Према повести коју излаже Симеоновић, он се 1813. године склонио у Аустрију, одакле се две године касније вратио у Манасију.54 У пролеће 1815. године у Србији се опет развио барјак слободе. У самој Ресави било је драматично: устаници су заклон налазили и у Манасији.55 И премда се с једне стране може сматрати да је Србија била стварно ослобођена тек после 1878. године тј. тек после формалног добијања независности, слобода од Турака с друге стране у одређеној мери наступила је већ у новоустановљеној Кнежевини Србији: што се манастира Манасија тиче, од 1815. године започиње период његове постепене обнове. У периоду од 1815. до 1822. године игуман Јоаникије подигао је келије у развалинама Деспотове трпезарије, а такође се посветио и обнови манастирске економије - посадио је виноград и шљивике, и одржавао је манастир у примереном стању. На боље место Јоаникије се преселио у јесен 1822. године.56 Од овог периода, тј. од обновљења српске државности сачувано је више грађе о манастиру Манасија.57 Према Симеоновићевом казивању, за настојатеља манастира је после Јоаникија 1822. године дошао неки јеромонах из Молдавије, прозвани Молдован, чије име Симеоновић не помиње („правог имена му нико не зна“, вели он), који се задржао врло кратко - до Васкрса 1823. године, када се вратио у своју отаџбину.58 Симеоновић помиње и следећих неколико манасијских настојатеља: најпре јереја Станка родом из Гложана, који је као удов свештеник 23. априла 1823. године замонашен, добивши име Савва, и одмах потом произведен за игумана Манасије;59 игуман Сава подигао је у цркви један једноставни иконостас, на манастирској земљи засадио је шљивик и виноград, а у ресавској тврђави саградио је конак са 4–5 келија, у ком је братство обитавало и три и по деценије касније. Игуман Сава Поповић дочекао је у манастиру Јоакима Вујића и његове пратиоце 17–18. августа 1826. године;60 у вечност се преселио 1. фебруара 1830. године.61 Према Симеоновићу, исте године за настојатеља је постављен (удови?) јереј Милија родом из Буровца (из млавског среза), у монаштву наречени Мојсеј, а њему је већ 1831. године следовао јереј Георгије родом из Гложана, који није био монах; следећи настојатељ према низу који наводи Симеоновић био је јереј Јаков Стојишић, у монаштву наречени Исаија, родом из Влакче (окружја крагујевачког),62 који је раније служио као свештеник у Жабарима крај Тополе; Исаија је за настојатеља постављен 21. августа 1832. године.63 Према тврдњама из литературе, исте 1832. године кнез Милосав Здравковић Ресавац (1787–1854) набавио је неколико звона за цркве и манастире у окружењу, између осталога и два звона за манастир Манасија.64 Ове године манастир Манасија посетио је и кнез Милош Обреновић,65 који је нешто касније, односно 1838. године, за покој своје мајке Вишње (1737–1817) манастиру приложио два звона, тешка 125 и 200 фунти.66 О доприносу игумана Исаије обнови манастира Сименовић је забележио више података;67 игуман Исаија је после 9 година служења у Манасији премештен у Витовницу, а за њим је на место настојатеља 23. септембра 1841. године постављен јеромонах Самуил Јанковић,68 родом из Шапца, за време чије управе је 1842. године подигнута и школа при цркви манасијској, а мало потом, 22. октобра 1843. године, Манасији је додата и Врбовачка црква, позната и као Бела црква (обновљена 1796. године [ССЗН 3708], тешко оштећена током 1. српског устанка, и убрзо поново обновљена69), која је и данас манасијски метох. Отприлике негде у то време, највероватније 1842. године, манастир Миљково званично је постао метох манастира Манасија.70 На своју молбу, јеромонах Самуил разрешен је дужности настојатељства и премештен у Миљков манастир 22. априла 1844. године, а исте године 26. априла поново је за настојатеља постављен јеромонах Исаија. За време његове друге управе Манасијом, 1845. године припрата манасијске Цркве Свете Тројице покривена је лимом;71 приликом ове обнове, зидари су замазали натпис из 1806. године, и више од половине јужне стране цркве окречили у жуто; према Симеоновићовој напомени, на срећу је на поклоњење у манастир баш тада дошао књаз Александар (Карађорђевић, 1806–1885), и благовремено зидарима закратио то кречење, иначе би штета била ненадокнадива, јер би био изгубљен стародревни изглед цркве. Игуман Исаија је због слабости разрешен дужности 29. јануара 1851. године (упокојио се годину дана касније код свог сина јереја Миленка Стојишића у Јагодини). Њега је на месту настојатеља наследио професор богословије протосинђел Герасим Стојковић,72 који је после свега три године, 10. октобра 1854. године посвећен за епископа неготинског; његов прејемник на месту манасијског игумана био је професор богословије архимандрит Евгеније Симеоновић, родом из Беле Цркве у Банату, који је управу над Манасијом примио 20. децембра 1854. године.73
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 14.
- О ситуацији у непосредном окружењу манастира Манасија у то време, уп. Митровић, „Ћуприски округ до 1833. године“, 134–136. Манасија је опет служила као војни објекат у августу 1815. године, када ју је на кратко заузео побуњени војвода Павле Цукић (око 1780–1817), како би се из ње одупро било српским снагама које је предводио кнез Милош Обреновић (1780/1783–1860) било Турцима; ова криза није дуго потрајала (уп. М[илан]. Ђ. Милићевић, Кнежевина Србија: географија - орографија - хидрографија - топографија - аркеологија - историја - етнографија - статистика - просвета - култура - управа. II (У Београду: Државна штампарија, 1876), 1101; Ана Сибиновић, Надгробни споменик војводе Павла Цукића (Београд: Завод за заштиту споменика културе града Београда, 2020), 5).
- Уп. С. А. [= Евгеније Симеоновић], „Описъ манастира Манасiе“, 59; I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 14; Веселић пак каже да се не зна кад се тачно упокојио игуман Јоаникије, осим што је извесно да је око 18 година провео у манастиру - Веселић, Описъ монастира у Србіи. Часть 1, 60.
- Види, на пример: Стеван С. Томић, „Архивски документи о конзервацији и рестаурацији манастира Манасије 1844. године“, Зборник заштите споменика културе, књ. II, свеска 1 (1951): 13–30; Слободан Ненадовић, „Конзерваторска документација о архитектури манастира Ресаве“, Зборник заштите споменика културе, књига XII (1961): 51–82; Томић и Николић, Манасија: историја - живопис, 33–42 (нарочито напомене о архивској грађи); Бранко Перуничић, Горња Ресава (Деспотовац са околином): 1804–1918 (Деспотовац: Самоуправна интересна заједница културе, 1989); Небојша Ђокић и Љубодраг Поповић (прир.), Браничевска епархија у првој половини XIX века, Историјски архив Пожаревац, Посебна издања, књ. 2 (Пожаревац: Историјски архив Пожаревац, 2005); Мирослав Пантић (ур.), Дани српскога духовног преображења XIV. Манастир Манасија (Ресава) у виђењима историјских и књижевних извора, путописаца, картографа и песника XIX–XXI века. Научни скуп, Деспотовац - Манасија, 20. август 2006, редакција Гордана Јовановић, Злата Бојовић и др. (Деспотовац: Народна библиотека „Ресавска школа“, 2007); Поповић, „Свештенство Браничевске епархије - прилог за историју“, 81–84, итд.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 14. Интересантно је што је Илија Стевановић 8/20. септембра 1823. године писмом из Врбовца јавио кнезу Милосаву Здравковићу Ресавцу како се у манастиру Манасија упокојио неки калуђер (уп. Ђокић и Поповић, Браничевска епархија у првој половини XIX века, 174). Да ли се ово обавештење можда односи на помињаног Молдована, или на неког другог монаха који се затекао у Манасији и ту преминуо, остаје непознато.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 14–15; Веселић пак каже да се свештеник Станко „јошт за живота Јоаникијевог покалуђерио“, не наводећи његово монашко име - уп. Веселић, Описъ монастира у Србіи. Часть 1, 60.
- Уп. Вуичъ, Іоакіма Вуича Славено-Сербскаго Списателя Путешествіе по Сербіи, 83.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 15.
- Према Веселићу, из Тополе - уп. Веселић, Описъ монастира у Србіи. Часть 1, 60.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 15.
- Уп. Ђокић и Поповић, Браничевска епархија у првој половини XIX века, 181, 214; Оливера Думић и Небојша Ђокић, Просу се бисер крај Мораве или Миљков манастир, Историјски архив, Крушевац / Посебна издања. Едиција „Ресавска Света Гора“, књ. 1. Пројекат „Духовна историја Поморавља“, ур. Миломир Стевић (Крушевац Историјски архив Крушевац, 2006), 32–33.
- Уп. Слободан Милеуснић, Средњовековни манастири Србије / The Medieval Monasteries of Serbia, превод на енглески језик Ангелина Чанковић-Поповић и Бранислав Поповић, цртежи Бранислав Живковић, 4. издање (Нови Сад: Православна реч - Прометеј, 1998), 120.
- Уп. „Манастир Манасија“, Српски Сион: недељни лист за црквено-просветне и автономне потребе Српске православне Митрополије карловачке, год. VIII, бр. 23 (недеља 7. јуна 1898): 365.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 15–19; о приликама у манастиру Манасија време игумана Исаије и у првој половини 19. века уопште, уп. Ђокић и Поповић, Браничевска епархија у првој половини XIX века, 174–176, 181, 188, 190–191, 265–266, 277.
- Непуних месец дана касније, 17. октобра 1841. године манастир је посетио И. Срезњевски (Измаил Иванович Срезневский, 1812–1880), и у писму које је написао забележио да у манастиру монашки живот проводе скромно одевени свештеник и двојица калуђера - уп. Радован Кошутић, „Писма из Петрограда (изворни дописи „Пр. Гласнику“)“, Просветни гласник, год. XV, бр. 4 (1894) 193–203: 197.
- Уп. Вуичъ, Іоакіма Вуича Славено-Сербскаго Списателя Путешествіе по Сербіи, 82–84; Недељко Радосављевић, Православна Црква у Београдском пашалуку 1766–1831 (управа Васељенске патријаршије), Историјски институт, Посебна издања, књ. 53 (Београд: Историјски институт, 2007), 387–388, 390.
- Уп. Думић и Ђокић, Просу се бисер крај Мораве или Миљков манастир, 50–52. Током 19. века, манастир Миљково (познат најпре под називом Буковица) за неко време био је метох манастира Манасија. Поједини аутори остављају отвореном могућност да је манастир Миљково био укључен у склоп манасијске лавре и знатно раније - уп. Думић и Ђокић, Просу се бисер крај Мораве или Миљков манастир, 11–13, 50–54.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 17; Станојевић, Бошковић и Мирковић, Манастир Манасија, 7.
- Герасим Стојковић рођен је 1811. године у Араду. Основно образовање стекао је у месту рођења, учио је право и философију у Пешти а у Сремским Карловцима завршио је богословију. У Србију је дошао 1839. године и постављен за професора богословије. Убрзо је примио монашки чин у манастиру Враћевшница. У чин ђакона рукоположен је 27. августа 1839. године, а за јеромонаха је рукоположен 6. јануара 1840. године. За протосинђела је произведен 15. маја 1844. године, а за архимандрита као манасијски игуман 9. маја 1853. године. Као манасијски игуман, отац Герасим је наставио и свој професорски ангажман у Београдској богословији, где је предавао догматско, пастирско и наравоучитељно (односно морално) богословље. За Епископа тимочког изабран је и хиротонисан 1854. године, и остао на катедри Епархије тимочке до краја живота, управљајући епархијом из Неготина до свог упокојења 11. јула 1865. године. Сахрањен је у старој неготинској цркви. За време његове управе у Епархији тимочкој богословски образовано свештенство почело је да замењује старо, што је омогућило интензивнији рад на народној и духовној обнови после туркократије. Остао је упамћен као повучен и благ човек, али и као књигољубац, и као један од просвећених људи свога доба. Био је члан Београдског читалишта (уп. Извѣстіє о Читалишту београдскомъ одъ год. 1851. [Београдъ: Београдско читалиште, 1852], 1, 3). За редовног члана Друштва српске словесности изабран је 1864. године. Уп. Љубомир Никић, Гордана Жујовић и Гордана Радојчић-Костић, Грађа за биографски речник чланова Друштва српске словесности, Српског ученог друштва и Српске краљевске академије 1841–1947, ур. Никша Стипчевић. Српска академија наука и уметности / Издања Библиотеке, књ. 24 (Београд: Српска академија наука и уметности, 2008), 317; уп. такође Епископ шумадијски Сава [Вуковић], Српски јерарси: од деветог до двадесетог века (Београд: Евро - Подгорица: Унирекс - Крагујевац: Каленић, 1996), 128–129.
- За више појединости о манастиру Манасија током управе архимандрита Евгенија Симеоновића, види I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 19–22.