Иако су времена била ратна и неизвесна, обнова манастира Манасија покренута је практично одмах по подизању устанка. Први манасијски монах чије име срећемо у историјским изворима јесте игуман Јоаникије. Према записима Е. Симеоновића, Јоаникије, родом од Лесковца, у Манасију је дошао око 1804. године. Како у манастиру није било услова за живот, пошто је најпре себи саградио колибу „да би се од кише и ладноће склонио“, Јоаникије је уз помоћ мештана одмах приступио чишћењу и сређивању, најпре ресавске цркве (која је, као и град ресавски, била пуна ђубрета „више од једнога хвата у висину“), а потом и тврђаве. Када је цркву очистио од ђубрета, вредни игуман Јоаникије препокрио ју је ћерамидом, поправивши што је било најнужније, обновивши богослужења у манастиру, савршавајући „не само обична свештенодејства црквена, но и саму Свету Литургију“.50 Народ је ускоро почео долазити у Цркву. Ова обнова засведочена је и на натпису који је био постављен на фасаду изнад јужних врата манасијске цркве (који је приликом обнове доцније обнове замазан несмотреношћу зидара, како напомиње Симеоновић), у којем је стајало да је Црква Силаска Духа Светога обновљена 1806. године, за време владавине вожда српског Карађорђа Петровића (1762/1768– 1817), при Митрополиту београдском Леонтију (Ламбру/Ламбровићу, †1822), трудом игумана Јоаникија и настојањем оберкнеза Милије Здравковића (око 1755–1814) [ССЗН 3834]. Симеоновић додаје како је вожд Карађорђе, по изгнању Турака из Србије, трудом игумановим манастиру поклонио једну бившу турску воденицу на Ресави. У литератури се, међутим, срећу помени још једног оштећења манастирске цркве управо из овог периода; тврди се, наиме, да је у припрати ресавске цркве 1809. године експлодирало буре барута.51 Уколико је овај податак веродостојан, поставља се питање откуд то да у црквеној припрати стоји барут; то би било уистину чудно, но не и немогуће, посебно у ратним временима, нарочито уколико у тврђави није било никаквог другог прикладног и сувог здања. Игуман Јоаникије изградио је колибу како би имао где да се склони од кише, како помиње Симеоновић; с друге стране, за манасијску Цркву Свете Тројице аутори из прве половине 19. века запажају да иста прокишњава: то примећује српски књижевник Јоаким Вујић (1772– 1847), који бележи како су у цркви Турци упропастили фреске „и велику скарадност причинили“.52 Како год било, настављајући обнову, игуман Јоаникије је и даље изводио радове на поправци манастира. Следећи натпис који говори о обнови потиче из 1810. године, и био је постављен на фасаду манастирске цркве с десне стране повише врата. У овом натпису, на дну којег је потписан и „Маисторъ Живадинъ“, наводи се како је манасијска Црква Силаска Духа Светога обновљена за време благоверног врховног господара Георгија (= Карађорђа), и служитеља манастира игумана Јоаникија, 17. октобра 1810. године [ССЗН 3878].
Занимљиве су речи којима почиње овај натпис: „Показателство сегѡ Ст҃агѡ Дх҃а“53 - које указују на једну пневматолошко–есхатолошку визију обновитеља.
- Уп. I. E. [= Евгеније Симеоновић], Описъ монастыра Манасiе, 13.
- Уп. Јеремија Д. Митровић, „Ћуприски округ до 1833. године“, у: Темнићски зборник. Прва књига, ур. Драгић М. Јоксимовић (Београд: Штампарија „Привредник“, 1932), 83–143: 106.
- Уп. Iоакiмъ Вуичъ, Іоакіма Вуича Славено-Сербскаго Списателя Путешествіе по Сербіи: во кратцѣ собственномъ рукомъ нѣговомъ списано у Крагоевцу у Сербїи (У Будиму граду: Печатано у Славено- Сербской и восточны прочи языка печатни Кралевскаго Всеучилишта Пештанскаго, 1828), 82. Дајући основне податке о манастиру Манасија, Јоаким Вујић задужбину Светог Деспота Стефана назива царским манастиром, и пише следеће: „Ово е еданъ царскїй манастирь, кога основатель быо е Деспотъ Стефанъ Кнеза Лазара сынъ“ (Вуичъ, Іоакіма Вуича Славено-Сербскаго Списателя Путешествіе по Сербіи, 82). И други аутори из прошлости манастир Манасија називали су царским. За Евгенија Симеоновића, Манасија је „једна од најзнаменитијих задужбина српских краљева и царева“ (С. А. [= Евгеније Симеоновић], „Описъ манастира Манасiе“, 53); још упечатљивије, за Јосифа Веселића Манасија је једна од најзнаменитијих задужбина „српских царева“ (Веселић, Описъ монастира у Србіи. Часть 1, 55). У другој половини 19. века, манастир Манасија назива се царским манастиром - лавром и у званичним публикацијама (уп. Државни календар Краљевине Србије за преступну годину 1896. (У Београду: Издање и штампа Државне штампарије Краљевине Србије, 1896), 84; Државни календар Краљевине Србије за годину 1897. (У Београду: Издање и штампа Државне штампарије Краљевине Србије, 1897), 60; Државни календар Краљевине Србије за годину 1898. (У Београду: Издање и штампа Државне штампарије Краљевине Србије, 1898), 137), итд. Наиме, манастир Манасија је у 19. веку, према тадашњој класификацији, у оквиру Београдске епархије по значају био разврстан у групу најзначајнијих манастира, као царска задужбина - лавра, уз манастире Горњак, Каленић и Раваница (уп. Љубодраг Поповић, „Свештенство Браничевске епархије - прилог за историју“, у: Браничево кроз војну и културну историју Србије II: зборник радова са научног скупа Историјског архива Пожаревац одржаног 10. октобра 2006. године - у сећање на хероје српске голготе 1916, свеска 4, ур. Јасмина Николић (Пожаревац: Историјски архив Пожаревац, 2007), 79–86: 82; уп. и Гордан Бојковић и Небојша Ђокић, Средњовековне цркве и манастири у Браничеву: по српским и аустријским пописима из XVIII века (Пожаревац: Народни музеј Пожаревац, 2016), 181; уп. такође Небојша Д. Ђокић, Јелена Б. Рогожарски, и Милена М. Балтић, „Прилог историји манастира Нимник“, Записи: годишњак Историјског архива Пожаревац, година XII, бр. 12 (2023): 99–112: 107–108, итд.).
- Почетак натписа наводимо према најстаријем познатом издању овог текста: уп. Вуичъ, Іоакіма Вуича Славено-Сербскаго Списателя Путешествіе по Сербіи, 82.