Необично име манастира Манасија, премда је у употреби од давнина, можда и од самог оснивања манастира, својом енигматичношћу и загонетношћу и данас привлачи пажњу, и још увек је предмет недоумица и расправа. Постоји неколико различитих објашњења значења и порекла овог алтернативног а данас преовлађујућег имена манастира Ресава. Будући да је сам Деспот Стефан Лазаревић, ктитор манастира, још за свога живота називан „другим Манасијом“, истраживачи претпостављају како је овај надимак Светог Деспота постао име ресавског манастира. Постоји, међутим, неслагање у вези са тим по којем Манасији је Деспот Стефан добио овај надимак — да ли по Манасији Јосифовом сину, унуку Праоца Јакова, родоначелнику Манасијевог племена, или по јудејском цару Манасији из 7. века пре Христа, или пак по чувеном средњовековном писцу Константину Манасији из 12. века? Најстарији познати помен имена Манасија за ресавски манастир засведочен је у првој половини 18. века; могуће је, међутим, да је овај назив доста старији.
За српске православне манастире није неуобичајено да носе имена предела или река поред којих се налазе, попут манастира Студеница, Морача, Пива, Бањска, Темска, Милешева, Црна Река, Вољавча, Раваница и других. Стари назив ресавског манастира — по области или реци Ресави — нимало није необичан у том смислу. Манастир Ресава био је познат под тим именом током прва три века свог постојања. Други назив овог манастира, Манасија, ушао је у употребу најкасније у првој половини 18. века, судећи према сведочанствима којима располажемо. Назив „Манасија“ забележен је као назив манастира Ресава у Верковићевом и Дечанском летопису [СРЛ 74: 27–31; ССРЛ 594б, 594д], као и у Троношком летопису [СЛ 98, ОЛ 63], но не постоји сагласност у погледу датирања ових рукописа. „Манасијци“, односно монаси манастира Манасија спомињу се у једном поменику из манастира Врдник, који опет није могуће
датирати [СП 138]. Назив Манасија налазио се у изгубљеном запису са олтарске апсиде манастирске цркве из 1725. године [ССЗН 10234], а засведочен је на печатњаку манастира Манасија чији је најстарији сачувани познати отисак датиран на јун 1727. године. Срећемо га и у забележбама егзарха Максима Радковића из 1733. године и егзарха Јована Михаиловића из 1734. и 1735. године. Свештеник Димитрије Несторовић је пре 1733. године целу зиму служио у манастиру Манасија, бележи Радковић [ИМР 151]. Тршки свештеник Димитрије Несторовић учио се књизи у манастиру Манасија [ЕБ 105], а духовник свештеника Павла Јовановића родом из Грабовца био је „(Х)Аџи Стефан манасијски“, бележи Михаиловић [ЕБ 112]. Овај назив налази се и у препису књиге Чудеса Пресвете Богородице из марта 1736. године [ССЗН 2674], у уговору о зидању ковиљске цркве из септембра 1741. године [КОНТ 87], итд. На основу поменутих сведочанстава, можемо претпоставити како је назив „Манасија“ истиснуо ранији назив манастира и озваничен ако не пре онда свакако најкасније до 1727. године, из које датира печатњак манастира, који се од 18. века наовамо све ређе назива Ресава. Назив „Манасија“ је превагнуо, и данас се налази у општој употреби. Занимљиво је да је у турском Браничевском дефтеру из 1467. године забележено како је ресавски монах Никон уживао приходе од манастира „Светодухна“ — односно манастира Светога Духа [БТ 250–251]. Да ли је овај назив такође био назив за манастир Ресава није јасно. Осим у поменутом турском попису из 1467. године, није познато да се манастир „Светодухна“ помиње у неким другим историјским изворима. Није поменут у турским пописима спроведеним 1476/1477. и 1516. године, а није познато ни да је помињан касније. Да ли се под називом „Светодухна“ крио назив манастира Ресава, односно назив манастира Манасија, остаје да се истражи. Што се самог назива манастира Манасија тиче, постоји неколико објашњења значења и порекла овог алтернативног а данас преовлађујућег имена манастира Ресава. Официр Јован Мишковић (1844–1908) у свом опису старих градова са краја 19.