уписаним крстом који подупиру четири висока стуба кружног пресека ослоњених на квадратне стопе; са углова стопа уз сваки од стубова уздижу се по четири елегантне полуколонете, богато украшене. Сводови су благо преломљени у темену и ослоњени на стубове, а изнад пресека свода подиже се купола на дванаестостраном тамбуру. Зидови цркве су изграђени од тесаног камена, а споља су покривени прецизно клесаним блоковима пешчара. Ови зидови почивају на наглашеном соклу који је украшен профилацијама, а завршавају се снажним хоризонталним венцем. Испод венца налази се низ слепих аркада које подржавају конструкцију и наглашавају вертикалност фасаде. На угловима апсида налазе се витке колонете које украшавају спојеве зидова. На западном зиду налазе се два улаза у брод цркве. Постоји још по један улаз у брод кроз обе певничке апсиде - са јужне и са северне стране. Врата на западном зиду су неједнаке величине - средишња су већа, али су истоветне конструкције, с једноставним каменим оквирима. Врата која се налазе на северној певници делимично су сачувана, а она које се налазе на јужној певници прерађена су у некој од обнова манастира, највероватније у некој од обнова из прве половине 19. века. Прозори наоса постављени су у две зоне, нижој и вишој, и то по два прозора са обе стране сва три травеја, и такође на средишњој олтарској апсиди. На видљивом делу западног зида прозор се налази изнад крова припрате; премда је оштећен, у прозору који се налази на западном зиду сачувано је највише оригиналних елемената. Прозори су углавном двоструки, бифоре, усправно подељени на два једнака дела, са узаним и преломљеним луковима; на апсидама проскомидије и ђаконикона налазе се мали, једноставни прозори у доњој зони. У брод цркве светлост улази и кроз окна на средишњој куполи. Архитектонски детаљи као што су нише, слепе аркаде и плитке полукружне нише на фасадама цркве не само да имају декоративну функцију, већ истичу конструктивну поделу простора и вертикалну структуру. Особито је значајан декоративни мотив геометријских трака на прозорима и допрозорницима, типичан за моравски стил архитектуре. Црква представља одличан пример усклађености конструкције и декорације, где се конструктивни елементи као што су сводови и апсиде интегришу с детаљима који оживљавају фасаде. Пажљиво осмишљена сводна конструкција, као и декоративни елементи, стварају унутрашњу и спољашњу хармонију, која је у складу са духовним значајем и архитектонским стилом манастира. У броду манасијске Цркве Свете Тројице није очуван оригинални под. Такође, није очувана ни оригинална олтарска преграда. Међутим, поред јужног зида западног травеја у недавним археолошким истраживањима откривена је ктиторска гробница, у којој је почивао Свети Деспот Стефан Лазаревић. Његове свете мошти извађене су из гроба и положене у кивот, који се сада налази у броду цркве, испред иконостаса. Од око 2.000 квадратних метара фресака којима је била живописана манасијска црква сачувано је нешто више од трећине, и то у главном делу цркве, наосу. У броду
