освајања, недуго после пада српске Деспотовине пропале су и земље херцеговачког Војводства Светог Саве, а манастир Милешева нашао се у Османлијском царству. У новим околностима манастир је више пута пљачкан и спаљиван. Његови монаси, у жељи да сачувају манастирске драгоцености, разносили су их у склоништа широм српских земаља - од Хиландара и Фрушке Горе, преко Тврдоша и Пакре, па све до удаљених светилишта где су се са народом повлачили у временима велике опасности. Милешевска повеља Деспота Стефана Лазаревића је у некој од сеоба стигла у ризницу манастира Тврдош.
У оквиру сукоба Османлија и Млечана током Морејског рата (1684–1699), манастир Тврдош је разорен. Тврдошко братство се 1693. године повукло у манастир Савина код Херцег Новог, носећи са собом најдрагоценије документе и светиње. Тако је и Милешевска повеља Деспота Стефана стигла у манастир Савина; повеља се и данас чува у Савини, као једно од значајних сведочанстава српске средњовековне културе и државности.
Уз Милешевску повељу сачувана је и врпца којом је повеља била повезана и запечаћена, са печатом, израђеним од жутог воска, којем је аверс преливен црвеним воском. Печат Деспота Стефана Лазаревића није био само потврда аутентичности докумената, већ и симбол његовог владарског достојанства и континуитета српске државности. На предњој страни печата, чији је пречник 7 центиметара, налази се хералдичка композиција која спаја симболе две династије - Немањића и Лазаревића. У средишту се налази шлем са плаштом и роговима који се готово додирују, симбол Кнеза Лазара који представља част, заштиту и снагу. Између рогова налази се двоглави орао, који представља немањићко наслеђе и царску власт. Са обе стране шлема смештени су љиљани, као симбол чистоте и легитимитета, док се у подножју налази тространи штит са косом гредом, са по једним љиљаном у свакој половини. Могло би се претпоставити да поред владарског достојанства ови љиљани представљају и везу са српским владарима Босне; с друге стране, они могу указивати и на Деспотов племенити статус у сложеном ширем политичком контексту Византије, Угарске и Западне Европе.
Стефан Лазаревић је ове хералдичке елементе на печатима користио после 1402. године, односно пошто је постао деспот, што сведочи о његовој доследности у грађењу владарског идентитета. Сложена симболика печата одражава његову личну и државну идеологију. Печат повезује немањићко наслеђе као симбол континуитета српске државности, лазаревићку баштину која потврђује његово право на српски престо, али и хералдичке мотиве који би могли указивати на Деспотове везе са српским земљама са друге стране Дрине, као и са међународним племством. И друге повеље Деспота Стефана биле су запечаћене попут повеље издате манастиру Милешева, што се некада помиње и у самом тексту повеље.
Ова повеља је током 19. века привукла пажњу истраживача. Први ју је 1844. године објавио Георгије Николајевић (1807–1896); за овим издањем су уследила и друга издања из 19. и са почетка 20. века. Пуна научна вредност овог документа осветљена је