Манасијско утврђење под Османлијама није одржавано, а утврдни зидови и куле почеле су да пропадају. Поједина здања манастирског комплекса су нестала, а зуб времена начео је и манасијску цркву и тврђаву. По ослобођењу од туђинске власти почетком 19. века, манастир Манасија се трудом монаха који су га обновили дизао из рушевина. Оправке манастирске Цркве Свете Тројице биле су приоритет; за санирање рушевног стања манастирског утврђења међутим није било средстава ни могућности. Ресавски град био је запуштен; у земљотресу који се догодио крајем 19. века, пострадала је и оштећена ресавска тврђава. Манасија је од 19. века привлачила и домаће и стране истраживаче и путописце; премда је главни предмет научног интересовања била Црква Свете Тројице, манасијски град такође је био занимљив и проучаваоцима и путницима, који су оставили већи број записа и сведочанства о самој тврђави, као и неколико скица и цртежа. Занимљиве су кратке путописне белешке Јоакима Вујића (1772–1847), који записује да је манастир окружен са 12 порушених кула; вредна су сведочанства манасијског игумана Евгенија Симеоновића (1815–1880) са половине 19. века, а значајни су и записи српског географа Владимира Карића (1848–1894) са краја 19. века. Манасијску тврђаву описивали су капетан пруске војске Ото Дубислав Пирх (Otto Ferdinand Dubislav von Pirch, 1799– 1832), немачки инжињер Вилхелм Рихтер (Wilhelm Richter, ?), књижевник и етнограф Милан Ђ. Милићевић (1831–1908), српски официр и академик Јован Мишковић (1844– 1908) и други аутори. Немачки путописац и археолог Феликс Каниц (Felix Philipp Emanuel Kanitz, 1829–1904) оставио је своје белешке и цртеже из друге половине 19. века, а чувени византолог Габријел Мије (Gabriel Millet, 1867–1953) посетио је Манасију више пута, и манастир и утврђење фотографисао у четвртој деценији 20. века. Међутим, иако је привлачила пажњу научне и културне јавности, и то како домаће тако и иностране, током прве половине 20. века манасијска тврђава је у два наврата претрпела значајна разарања. Најпре 1911. године, приликом изградње пута поред манастира. Реаговао је чувени српски археолог, академик Михаило Валтровић (1839– 1915), који је писао о оштећењима манастира. Но његова реакција није спречила оштећења. Тада су уништени поједини делови зида рова - контраескарпе. Још веће разарање догодило се 1929. године, када су у оквиру мера које су ради „заштите и обезбеђења манастира“ преузеле власти Краљевине Југославије порушени трошни и растресени горњи делови кула и бедема, које су потом заливене бетоном. Овако су уништени аутентични облици манастирске утврде. Радови су обустављени после реаговања архитекте Ђурђа Бошковића (1904–1990), који је чланак о штети која је учињена небригом институција, немаром према културном наслеђу а потом бахатим и нестручним односом према манасијској старини објавио у дневној штампи. Он је са жаљењем приметио да су се чак и завојевачи - Турци и Аустријанци - трудили да очувају манасијске бедеме, док се сада руши оно што би требало да се сачува. „Оно што непријатељ није хтео а време није стигло - учинили смо ми сами“, подвукао је Бошковић.
