Константин Философ у Житију које је написао бележи како је по свом уснућу Деспот Стефан сахрањен у својој задужбини, то јест у манастиру Ресава - Манасија,
односно у манастирској Цркви Свете Тројице [ЖДС 52, 87]. Иако се ова црква у историјским изворима помиње као гробно место Деспота Стефана, страдална судбина манастира Манасија у време туркократије претворила је ову светињу у војни објекат и упориште иновераца, што је угрозило неговање успомене на Светог Деспота. Дисконтинуитет историјског трајања манастира Манасија, отимање и гашење овог манастира не само да је онемогућавало евентуални развој поштовања Деспота Стефана као светог, већ је замаглило и сећање на тачно место његовог почивалишта.
Током мрачних векова под влашћу Османлија црква манастира Манасија коришћена као војни и привредни објекат, као магацин, као штала за смештај стоке, можда чак и као џамија. Пролазиле су генерације које су упркос таквим околностима ипак чувале сећање на манастир Манасија као на свето место, али манастирски комплекс током дугог периода није имао своју свештену функцију. Разложно би било претпоставити да ни народ ни клирици у време коришћења манастира Манасија као војног и стратешког објекта нису могли ни имати приступ у заузету светињу.
Не чуди што у таквим приликама, на које су се надовезали погроми и масовне сеобе становништва, не само да није било континуитета поштовања Деспота Стефана већ је изгубљено сећање на тачно место његовог погребења. Тако култ Светог Деспота Стефана из одређених разлога није процветао у српским земљама, док је тачна позиција његовог почивалишта нестала из црквене и народне свести. Ипак је било сачувано сећање на манастир Манасија као место његовог гроба.