Црква, коју народ памти и као Врбовачку, настала је на тлу некадашњег села Врбовац, опустелог и у прошлости напуштеног због турског зулума. Историја овог краја сведочи да се још у 15. веку овде спомиње постојање насеобине са неколико домова. У турском попису из 1467. године међу мештанима Врбовца спомиње се и Радоје, свештенички син, односно син неименованог калуђера [БТ 177], што упућује на могућност да је и тада овде постојало духовно уточиште. Сам назив места на ком се налази Бела црква, Прњавор, буди асоцијације на манастирско земљиште, што додатно учвршћује уверење о повезаности ове древне богомоље са манастиром Манасија. Предање казује да је ова црква подигнута у исто време када и славни манастир Манасија, почетком 15. века, у доба благоверног Деспота Стефана Лазаревића. Иако поузданих историјских извора за ово предање нема, сама архитектонска грађа и уметнички израз Беле цркве у Бељајци својом складношћу и узвишеном једноставношћу неоспорно подсећају на мање цркве из времена српске Деспотовине. Ова блискост стилу тога доба омогућава нам да са разлогом прихватимо народно предање као вероватно.
Архитектура Беле цркве открива сродност са мањим црквама насталим у доба српске Деспотовине. Поткуполна конструкција ове древне цркве, ослоњена на конзоле, веома је слична решењу примењеном у Цркви Светог Арханђела Гаврила у Борачу.
Борачка Црква Светог Арханђела Гаврила изграђена је током 14. века, а обновљена у 15. веку, док је живопис ове борачке цркве настао 1553. године. Ове сличности навеле су истраживаче да претпоставе како је и Бела црква настала у сличном временском оквиру - односно у 15. веку.
Постоји још једна сличност између ове две цркве - у обе је сачуван запис о обнављању и познијем осликавању. Црква Рођења Пресвете Богородице у Бељајци обновљена је и живописана крајем 18. века, о чему сведочи сачувани натпис који се налази у лунети на западном зиду наоса црква, изнад врата која из припрате воде у брод. Овај натпис указује на 1796. годину као годину обнове и живописања. Према овом сведочанству, Црква Рођења Пресвете Богородице у Бељајци обновљена је у време Митрополита београдског Методија (†1801), настојатеља протопрезвитера Илије и оберкнеза Петра.
Тада осликани фрескопис, од којег су сачувани прикази Христа како благосиља (у темену свода изнад врата која спајају припрату и брод), Цара Давида и Цара Соломона, задржао је своју лепоту кроз векове. Лик Светог Архиђакона Стефана осликан је у порталу, са десне стране врата; на фресци он у десној руци држи кадионицу са зажареним тамјаном, док у левој руци, којом придржава орар, држи макету цркве.