које су стајале на сасвим једноставном иконостасу; неке од ових икона сачуване су током сеоба, а данас се налазе у манастиру Бођани. У 19. веку за манасијску цркву наступио је период обнове; калуђер Јоаникије био је први који је почео да поправља манастирску Цркву Свете Тројице, моравши најпре да је очисти од ђубрета; највероватније је при овој обнови он подигао и иконостас, јер је остало забележено да је он цркву опремио како би могао обновити богослужбени живот. Убрзо потом, у трећој деценији 19. века, игуман Сава Поповић подигао је у цркви један једноставни иконостас, који због лошег стања манастира узрокованог прокишњавањем није дуго остао у цркви. Највероватније је да се тај иконостас, који су по наруџбини игумана Саве осликали кир-Костадин и кир-Гиорги из Грабова из нахије трновске, данас налази у Цркви Светог Николе у селу Двориште. У цркви манастира Манасија током 1863. и 1864. године израђен је и осликан већи дрвени иконостас, којег су осликали Милија и Никола Марковић. Остало је забележено да је овај посао коштао читаво богатство - иконостас је плаћен са хиљаду дуката. Данас се иконе са овог старог иконостаса налазе у припрати Цркве Свете Тројице. Садашњи иконостас манастира Манасија постављен је почетком 21. века. Једноставни камени иконостас изграђен је под покровитељством Завода за заштиту споменика културе Републике Србије 2006/7. године. Овај иконостас, примерен манасијској цркви са почетка 15. века, поред царских двери - са композицијом Благовести (Лк. 1, 26–38) - носи четири иконе: Господа Исуса Христа, Пресвете Богородице, црквене славе - Педесетнице (Дап. 2, 1–41), и Светог Јована Крститеља. Овај иконостас осликала је Вероника Ђукановић.
